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修订后的《条例》确立“收费”与“收税”长期并行的两个公路体系发展模式。突出了收费公路和非收费公路的不同政策，体现了两个公路体系统筹发展的导向。一是从资金来源上，明确政府对非收费公路的投入义务；明确收费公路的多元化筹资渠道。二是从等级构成上，明确收费公路以高速公路为主体；三是明确政府收费公路不得无偿划拨，除收费公路权益外，收费公路资产不得转让和上市交易。
同时，调整收费期限。一是政府收费公路中的高速公路实行统借统还，修订后的《条例》不再规定具体的收费期限，按照用收费偿还债务的原则，以该路网实际偿债期为准确定收费期限。高速公路以外的政府收费公路，维持现行《条例》最长不超过15年、中西部最长不超过20年的规定。二是特许经营公路的经营期限按照收回投资并有合理回报的原则确定。其中高速公路的经营期限一般不得超过30年，对于投资规模大、回报周期长的高速公路，可以约定超过30年的特许经营期限。高速公路以外一级公路及桥隧的经营期限，维持现行《条例》最长不超过25年、中西部最长不得超过30年的规定。三是政府收费高速公路在政府性债务偿清后，以及特许经营高速公路经营期届满后，其养护、管理资金可按满足基本养护、管理支出需求和保障效率通行的原则实行养护管理收费，以解决高速公路养护费用的问题，保证高速公路正常通行。四是对一级收费公路改建为高速公路或者提高高速公路通行能力增加了政府债务或社会投资的改扩建工程，可重新核定偿债期限或经营期限。除高速公路以外，其他所有政府收费公路和特许经营公路在偿债期、经营期满后必须停止收费，其剩余政府性债务经审计后全部纳入预算管理。